The yes/no question is a closed question. You can only answer yes, no or yes. Unlike the W-question, the conjugated verb comes at the beginning of the sentence and then the subject.

Die Ja-/ Nein Frage ist eine geschlossene Frage. Mann kann also nur mit Ja, Nein oder Doch antworten. Anders wie bei der W-Frage steht hier das konjugierte Verb am Anfang des Satzes und danach das Subjekt.

You answer "doch" if you want to answer a negative question.

Man antwortet mit "doch", wenn man eine verneinte Frage bejaen möchte.